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Centre de bio-informatique (CBIO)

La recherche au centre de bio-informatique vise à développer des modèles et des algorithmes pour analyser et comprendre les données biologiques et chimiques, en particulier à travers des modèles probabilistes et des algorithmes d'apprentissage statistique. L’objectif sur le long terme est, à travers de multiples collaborations, de contribuer au développement de nouvelles thérapies en particulier contre le cancer. Afin d'atteindre ces buts les projets s'articulent autour de 5 axes:

  • Bio-informatique et analyse de données biologiques structurées et hétérogènes (séquences génomiques, structures de protéines, réseaux de gènes...), applications en diagnostic, prognostic, et médecine personnalisée.
  • Biologie des systèmes: analyse et reconstruction de réseaux de gènes, intégration de données génomique avec les réseaux de gènes.
  • Traitement et analyse de données pour les nouvelles technologies du vivant, en particulier les puces à ADN, le NGS, les puces à cellules et la microscopie cellulaire
  • Criblage virtuel: docking, apprentissage statistique sur des bases de données de molécules, chemogénomique
  • Théorie et algorithmes en apprentissage statistique: apprentissage sur des données structurées, analyse théorique d'algorithmes d'apprentissage.

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Yunlong Jiao, Jean-Philippe Vert. The Kendall and Mallows Kernels for Permutations IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, Institute of Electrical and Electronics Engineers, A Paraître, 〈10.1109/TPAMI.2017.2719680〉

Benjamin Sadacca, Anne-Sophie Hamy-Petit, Cecile Laurent, Pierre Gestraud, Hélène Bonsang-Kitzis, Alice Pinheiro, Judith Abecassis, Pierre Neuvial, Fabien Reyal. New insight for pharmacogenomics studies from the transcriptional analysis of two large-scale cancer cell line panels Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7 (1), 〈10.1038/s41598-017-14770-6〉

Nicolas Servant, Nelle Varoquaux, Edith Heard, Jean-Philippe Vert, Emmanuel Barillot. Effective normalization for copy number variation in Hi-C data Preprint, 2017

Marine Le Morvan, Jean-Philippe Vert. Supervised Quantile Normalisation Preprint, 2017

Agnese Loda, Johannes Brandsma, Ivaylo Vassilev, Nicolas Servant, Friedemann Loos, Azadeh Amirnasr, Erik Splinter, Emmanuel Barillot, Raymond Poot, Edith Heard, Joost Gribnau. Genetic and epigenetic features direct differential efficiency of Xist-mediated silencing at X-chromosomal and autosomal locations Nature Communications, Nature Publishing Group, 2017, 8, pp.690. 〈10.1038/s41467-017-00528-1〉

Anne Laure Renault, Noura Mebirouk, Eve Cavaciuti, Dorothée Le Gal, J. Lecarpentier, Catherine Dubois d'Enghien, Anthony Laugé, Marie-Gabrielle Dondon, M Labbé, G. Lesca, D. Leroux, L. Gladieff, C. Adenis, L. Faivre, B. Gilbert-Dussardier, A. Lortholary, J.P. Fricker, Karin Dahan, Jo Bay, M. Longy, B. Buecher, Nicolas Janin, Hélène Zattara, Pascaline Berthet, Audrey Combes, Isabelle Coupier, Janet Hall, Dominique Stoppa-Lyonnet, Nadine Andrieu, F. Lesueur. Telomere length, ATM mutation status and cancer risk in Ataxia-Telangiectasia families Carcinogenesis, Oxford University Press (OUP), 2017, 38 (10), pp.994-1003. 〈10.1093/carcin/bgx074〉

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