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Lancement de la Chaire DEEP unissant HUTCHINSON, l'ESPCI et MINES ParisTech

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Centre de bio-informatique (CBIO)

La recherche au centre de bio-informatique vise à développer des modèles et des algorithmes pour analyser et comprendre les données biologiques et chimiques, en particulier à travers des modèles probabilistes et des algorithmes d'apprentissage statistique. L’objectif sur le long terme est, à travers de multiples collaborations, de contribuer au développement de nouvelles thérapies en particulier contre le cancer. Afin d'atteindre ces buts les projets s'articulent autour de 5 axes:

  • Bio-informatique et analyse de données biologiques structurées et hétérogènes (séquences génomiques, structures de protéines, réseaux de gènes...), applications en diagnostic, prognostic, et médecine personnalisée.
  • Biologie des systèmes: analyse et reconstruction de réseaux de gènes, intégration de données génomique avec les réseaux de gènes.
  • Traitement et analyse de données pour les nouvelles technologies du vivant, en particulier les puces à ADN, le NGS, les puces à cellules et la microscopie cellulaire
  • Criblage virtuel: docking, apprentissage statistique sur des bases de données de molécules, chemogénomique
  • Théorie et algorithmes en apprentissage statistique: apprentissage sur des données structurées, analyse théorique d'algorithmes d'apprentissage.

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Larissa Mourao, Guillaume Jacquemin, Mathilde Huyghe, Wojciech Nawrocki, Naoual Menssouri, Nicolas Servant, Silvia Fre. Lineage tracing of Notch1-expressing cells in intestinal tumours reveals a distinct population of cancer stem cells Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2019, 9, pp.888. 〈10.1038/s41598-018-37301-3〉

Lotfi Slim, Clement Chatelain, Chloé-Agathe Azencott, Jean-Philippe Vert. Novel Methods for Epistasis Detection in Genome-Wide Association Studies Preprint, 2019

Antoine Campagne, Ming-Kang Lee, Dina Zielinski, Audrey Michaud, Stéphanie Le Corre, Florent Dingli, Hong Chen, Lara Shahidian, Ivaylo Vassilev, Nicolas Servant, Damarys Loew, Eric Pasmant, Sophie Postel-Vinay, Michel Wassef, Raphael Margueron. BAP1 complex promotes transcription by opposing PRC1-mediated H2A ubiquitylation Nature Communications, Nature Publishing Group, 2019, 10, pp.348. 〈10.1038/s41467-018-08255-x〉

Edouard Pauwels, Francis Bach, Jean-Philippe Vert. Relating Leverage Scores and Density using Regularized Christoffel Functions Neural Information Processing Systems, Dec 2018, Montréal, Canada

Fabienne Lesueur, Noura Mebirouk, Yue Jiao, Laure Barjhoux, Muriel Belotti, Maïté Laurent, Mélanie Léoné, Claude Houdayer, Brigitte Bressac-De Paillerets, Dominique Vaur, Hagay Sobol, Catherine Noguès, Michel Longy, Isabelle Mortemousque, Sandra Fert-Ferrer, Emmanuelle Mouret-Fourme, Pascal Pujol, Laurence Venat-Bouvet, Yves-Jean Bignon, Dominique Leroux, Isabelle Coupier, Pascaline Berthet, Véronique Mari, Capucine Delnatte, Paul Gesta, Marie-Agnès Collonge-Rame, Sophie Giraud, Valérie Bonadona, Amandine Baurand, Laurence Faivre, Bruno Buecher, Christine Lasset, Marion Gauthier-Villars, Francesca Damiola, Sylvie Mazoyer, Sandrine Caputo, Nadine Andrieu, Dominique Stoppa-Lyonnet. GEMO, a National Resource to Study Genetic Modifiers of Breast and Ovarian Cancer Risk in BRCA1 and BRCA2 Pathogenic Variant Carriers Frontiers in Oncology, Frontiers, 2018, 8, pp.490. 〈10.3389/fonc.2018.00490〉

Elodie Girard, Séverine Eon-Marchais, François Olaso, Anne Renault, Francesca Damiola, Marie-Gabrielle Dondon, Laure Barjhoux, Didier Goidin, François Meyer, Dorothée Le Gal, Juana Beauvallet, Noura Mebirouk, Christine Lonjou, Julie Coignard, Morgane Marcou, Eve Cavaciuti, François Baulard, François Bihoreau, Odile Cohen-Haguenauer, Dominique Leroux, Jean Penet, Sandra Fert-Ferrer, Chrystelle Colas, Thierry Frebourg, François Eisinger, Claude Adenis, Anne Fajac, Laurence Gladieff, Julie Tinat, Anne Floquet, Jean Chiesa, Sophie Giraud, Isabelle Mortemousque, Florent Soubrier, Séverine Audebert-Bellanger, Jean-Marc Limacher, Christine Lasset, Sophie Lejeune-Dumoulin, Catherine Dreyfus, Yves-Jean Bignon, Michel Longy, Pascal Pujol, Laurence Venat-Bouvet, Valérie Bonadona, Pascaline Berthet, Elisabeth Luporsi, Christine Maugard, Catherine Noguès, Capucine Delnatte, Paul Fricker, Paul Gesta, Laurence Faivre, Alain Lortholary, Bruno Buecher, Olivier Caron, Marion Gauthier-Villars, Isabelle Coupier, Nicolas Servant, Anne Boland, Sylvie Mazoyer, Jean-François Deleuze, Dominique Stoppa-Lyonnet, Nadine Andrieu, Fabienne Lesueur. Familial breast cancer and DNA repair genes: Insights into known and novel susceptibility genes from the GENESIS study, and implications for multigene panel testing International Journal of Cancer, Wiley, 2018, 〈10.1002/ijc.31921〉

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